مدارس دو شیفته به علت محدودیت‌های منابع و نیاز به افزایش ظرفیت،معمولا زمان‌های تدریس را در ۲ نوبت صبح و عصر تقسیم می‌کنند و  این سیستم برای بسیاری از مدارس راه‌حل  مؤثری بوده است،اما چالش‌های خاص خود را دارد. 

یکی از مهم‌ترین مشکلات مدارس دو شیفته، فشار بر معلمان است،  زیرا  معلمان مجبور هستنددر ساعات طولانی‌تری تدریس کنند و در بسیاری از مواقع،زمان کافی برای استراحت و آمادگی برای نوبت بعدی نخواهند داشت و   این فشار ممکن است برکیفیت تدریس تاثیر منفی بگذارد و باعث کاهش انگیزه معلمان شود.

 آموزش در شیفت‌های مختلف ممکن است منجر به خستگی و افت کیفیت یادگیری شود و در این شیوه،برخی دانش‌آموزان ممکن است نتوانند به طور کامل از فرصت‌های آموزشی استفاده کنند،زیرا ممکن است درطول روز انرژی و تمرکز کافی نداشته باشند.

معلمان در این شرایط بایستی محتوای درسی را به شکلی موثرتر و جذاب‌تر ارائه دهند و همچنین،بازنگری در زمان‌بندی کلاس‌ها و تخصیص زمان استراحت مناسب می‌تواند به کاهش فشارهای روانی کمک کند. 

درنهایت، توجه به نیازهای خاص دانش‌آموزان در مناطق مختلف و تنظیم برنامه‌های آموزشی براساس شرایط فرهنگی،اجتماعی و اقتصادی می‌تواند به بهبود کیفیت آموزش در مدارس ۲ شیفته کمک کند.