وی در پاسخ به این‌که مسئولین پیشین نیز چنین وعده‌ای داده بودند، گفت: من در زمان مسئولیتم این کار را انجام دادم. در زمان شروع مسئولیتم ۸۰۰ مرکز تحقیقات و در پایان مسئولیتم هم ۸۰۰ مرکز تحقیقات داشتیم.

معاون تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت توضیح داد: نه این‌که مرکز تحقیقات جدیدی ایجاد نکرده باشیم؛ مراکز تحقیقات جدید داشتیم ولی مراکز غیر فعال را حذف کردیم. من به هیچ وجه اعتقاد ندارم که مراکز تحقیقاتی که خروجی نزدیک به صفر دارند را حفظ کنیم.

آخوندزاده در پاسخ به این سوال که آیا شاخص‌های جدیدی برای ارزیابی در نظر گرفته خواهد شد یا خیر؛ گفت: ارزشیابی وزارت بهداشت قدیمی‌ترین ارزشیابی است. حتی از ارزشیابی وزارت علوم نیز قدیمی‌تر است. این ارزشیابی نسبتاً مناسب است و معیارهای کمی و کیفی را باهم می‌سنجد و به نوعی بومی است. می‌توان در آن تغییرات جزئی انجام داد ولی در کل ارزشیابی خوبی است.

 در حال حاضر ۸۳۱ مرکز تحقیقات در وزارت بهداشت و زیر مجموعه دانشگاه‌های علوم پزشکی وجود دارد.